P. nagasakiensis có phạm vi phân bố khá rộng rãi ở vùng biển Ấn Độ Dương - Thái Bình Dương. Chúng được tìm thấy từ Maldives và Sri Lanka trải dài về phía đông đến Vanuatu; phía bắc giới hạn đến miền nam Nhật Bản, phía nam tới vùng tây bắc Úc và New Caledonia. Tại Việt Nam, loài này có mặt tại Côn Đảo. P. nagasakiensis sống xung quanh những rạn san hô mềm mọc trên cát ở các đầm phá và ngoài khơi, ở độ sâu khoảng 3 – 35 m (nhưng thường ở độ sâu trên 20 m)[2].